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花青染料通常表现出非常大的摩尔吸收率（约150000至300000M^-1 cm^-1）以及适度的量子产率，从而产生及其明亮的荧光信号。事实证明，花青在许多领域都非常有用，包括生物成像、细胞学、荧光技术和分析化学等，对于某些生物学应用，花青可以有利地替代其他常规染料，它们也可以应用在各种生物学。

常见的花青染料

花青染料中常使用的是发黄绿色荧光的Cy3(Ex:550nm,Em:570nm)和发红色荧光的Cy5(Ex:650nm,Em:670nm)。由于它们具有少量光谱重叠，Cy3和Cy5通常组合为2色检测。Cy3可通过各种荧光仪、成像仪器和具有TRITC标准滤波片的显微镜来检测。由于Cy5消光系数高，它以成为远红色荧光染料的流行替代品。

图为Cy3(左)、Cy5(中)、Cy7(右)的激发和发射光谱

表一.花青染料的光谱特性

磺化与非磺化花青染料

磺化与非磺化花青染料具有非常相似的荧光特性，在许多应用中可以互换使用。它们之间的差异主要在于溶解度。磺化的为水溶性，非磺化的则为脂溶性。

表2.磺化与非磺化花青的比较