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低温喷雾干燥机相对普通喷雾干燥机，主要的差别在于进风温度的差异，一般的喷雾干燥机，进风温度在180℃以上，热敏性的物料，物理性质或化学性质发生变化，特别是生物活性材料，如细菌，活性酶等，会失活，而低温喷雾干燥机，进风温度*低能做到50℃左右。
低温喷雾干燥机主要适用于高校、研究所和食品,化工,企业,实验室生产微量颗粒粉末，对溶液如乳浊液、悬浮液具有广谱适用性, 适用于对热敏感性物的干燥如生物制品、生物农药、酶制剂等，因所喷出的物料只是在喷成雾状大小雾滴时，才受到干燥风系统，故只是瞬间受热，能保持这些活性材料在干燥后仍维持其活性成份不受破坏。

低温喷雾干燥机在进行使用时为能够确保其设备以及管路和与成品接触的部件的清洗，获得好产品，有规矩的清洗设备是十分必要的。当产品种类更换时，或者喷雾干燥机设备已经停工24h以上而未清洗的，需作一次*底的清洗。低温喷雾干燥机水清洗方式，能够有效的依据其实际挑选干洗、湿洗或化学洗：

干洗：用刷子、吸尘机清理。

湿洗：用60~80℃的热水开展清洗。

化学洗：用碱液、酸液和各种洗洁剂清洗。