有机肥可以提高作物产量，改善农产品质量。在营养元素相同的情况下，与化肥相比，有机肥作为基肥的效果一般优于化肥，全分解有机肥的效果往往优于化肥，当用作高级调味品时。特别是，提高农产品质量比化肥更有益。中国农民有使用有机肥料的传统，非常重视有机肥料的使用。美国、西欧、日本等工业化国家正在兴起“有机农业”和“有机农业”。他们非常重视有机肥料的使用，将有机肥料作为生产 的主要肥料来源。

  有机肥能促进土壤微生物的生长和作物的吸收利用。有机肥料含有大量的有机质，是各种微生物生长繁殖的场所。有机肥料中的有机物在分解过程中还可以产生各种酚类、维生素、酶、生长素和激素类物质，促进植物根系生长和养分吸收。

  减少养分固定，提高养分利用率。有机肥料含有许多有机酸、腐殖酸和其他羟基物质，这些物质具有很强的螯合作用，可以与许多金属元素螯合形成螯合物，从而防止土壤固定这些营养元素而失效。例如，当有机肥和磷肥一起施用时，有机肥中的有机酸等螯合物可以螯合土壤中活性较强的铝离子，从而防止铝和磷的结合形成封闭储存的磷，这是植物难以吸收的，可以显著提高土壤中有效磷的含量。

  加速土壤团聚体的形成，改善土壤的物理和化学性质。有机无机团聚体是土壤肥力的重要指标。它们的含量越多，土壤的物理性质越好，土壤越肥沃，保持土壤、水和肥料的能力越强，通风性能越好，这更有利于植物根系的生长。